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中医学运用阴阳学说，以辩证思维指导对具体事物的认识，阐明生命的形体结构、功能活动、病机变化、临床诊断、疾病防治以及养生康复等，奠定了中医学理论体系的基础。
人体是一个有机整体，构成人体的脏腑经络形体组织，可以根据其所在的部位、功能特点划分阴阳。故《素问·宝命全形论》说“人生有形，不离阴阳。”
从人体部位而言，上部为阳，下部为阴；体表为阳中医学理论体系的主要特点是，体内为阴；背为阳，腹为阴；四肢外侧为阳，内侧为阴。体表之中再分阴阳，则皮肉为阳中之阳，筋骨为阳中之阴。从脏腑而言，五脏主藏精为阴，六腑主传化为阳。五脏之中又分阴阳，则心肺在上属阳，而心为阳中之阳，肺为阳中之阴；肝、脾、肾在下属阴，而肝为阴中之阳，肾为阴中之阴，脾为阴中之至阴。如《素问·金匮真言论》：“背为阳，阳中之阳，心也；背为阳，阳中之阴，肺也。腹为阴，阴中之阴，肾也；腹为阴，阴中之阳，肝也；腹为阴，阴中之至阴，脾也。”从经络而言，则有阴经、阳经、阴络、阳络之分。从生命物质而言，则气为阳，精血津液为阴等。总之，人体脏腑经络及形体结构的上下、内外、表里、前后各部分之间，凡属相互关联有相互对立的部分，就可以用阴阳属性来划分。
现代人一谈阴阳学说，往往都会把它当成是空洞的哲学概念，想怎么理解就怎么理解。阴阳学说是中国传统文化的核心，不理解它，就无法理解中国传统文化，更无法领会了中国传统文化的伟大。作为一个中国人，这一点让人深深地遗憾。那么阴阳学说到底讲的是什么？要谈这一点，我们就必须正确认识气一元论，因为阴阳学说是建立在气一元论之上的，离开了气一元论，阴阳学说就成了空洞的哲学概念，而有了气一元论做根基，阴阳学说就成了地地道道的科学，因为它是对大自然最普遍规律的揭示。气一元论是这样讲的：无限的宇宙空间连续着统一的物质，它们并不是静止不动的，而是在紧张地相互压迫中存在的，反抗周围物质的压迫是一切存在物的本性，也正是这种本性的存在，局部物质才不断在反抗周围物质的压迫中组织起来，成为一个个暂态的有序结构，我们观察到的一切都是由统一物质组织起来的，只是最初的产生环境不同使它们具有了不同的个性。显然，世界只有一种物质，阴阳描述的就不是物质，而只可能是统一物质的两种存在形式。
而统一物质在自然界只有两种存在形式，一种是气之聚，即物质的有序状态，有中心和层次的物质系统，一种是气之散，即物质的无序状态，无中心和层次的混沌空间。如果把它们分阴阳，根据静为阴，动为阳，那么有序状态的物质相对稳定，而处于混沌状态的物质相对不断变动当中，因此，阴只可能是气之聚，阳为气之散。
你仔细看气一元论，其实它就用统一的一种物质（气）的聚（阴）散（阳）解释了自然界的一切。如果说宇宙存在自然规律的话，那么它一定是物质聚散的规律，聚就是物质系统的产生，散就是物质系统的灭亡，气聚散的规律其实就是物质系统的生死规则。由于自然界的一切物质存在都是呈系统的，因此，阴阳学说也可以看成是对大自然最普遍规律的揭示。在所有的科学理论当中，往往都有这样一个规则，越简单，越朴素，越接近真理。中国传统文化用一种物质（气），一个原理（阴阳变换）解释了自然界的一切，当然是最简单，最朴素，也最接近真理。而西方科学用几个基本粒子的不同组合来解释世界，它离真理还有很远！事实也正是如此，西方科学解释不了任何系统秩序的存在，而系统现象是大自然最普遍的现象。
防治疾病的基本原则是调整阴阳，使脏腑经络、精气血津液、体质恢复相对平衡，达到阴平阳秘的生理状态。
1.指导养生保健
养生，又称“摄生”，即保养生命健康之意。健康是促进人的全面发展的必然要求，是经济社会发展的基础条件，是民族昌盛和国家富强的重要标志，也是广大人民群众的共同追求。注重养生是保持身体健康无病的重要手段，最根本的原则是“法于阴阳”，即遵循自然界阴阳的变化规律来调理人体之阴阳，“春夏养阳，秋冬养阴”中医学理论体系的主要特点是，使人体中的阴阳与四时阴阳的变化相适应，以保持人与自然界的协调统一。如《素问·四气调神大论》记载：“夫四时阴阳者，万物之根本也，所以圣人春夏养阳，秋冬养阴，以从其根，故与万物沉浮于生长之门。逆其根，则伐其本，坏其真矣。”
2.确定治疗原则
应用药物、针灸等方法调整阴阳偏盛偏衰等的病机变化，恢复阴阳协调平衡，称为“调整阴阳”，是治疗疾病的基本原则之一。如《素问·至真要大论》说：“谨察阴阳所在而调之，以平为期。”
阴阳偏盛的治疗原则：阴阳偏盛，为邪气亢盛之实证，故其治疗原则为“损其有余”，即“实则泻之”。运用阴阳对立制约原理，阳盛之实热证，治法“热者寒之”，即用寒性药物治疗实热证。阴盛之实寒证，治法“寒者热之”，即用热性药物治疗实寒证。
阴阳偏衰的治疗原则：阴阳偏衰，为正气不足之虚证，故其治疗原则为“补其不足”，即“虚则补之”。运用阴阳对立制约原理，阳虚是以阳气不足为主要病机的虚寒证，故以补益阳气为主，“阴病（阳虚不能制阴导致阴偏盛）治阳”，即所谓“益火之源，以消阴翳”。阴虚是以阴液不足为主要病机的虚热证，故以滋补阴液为主，“阳病（阴虚不能制阳导致阳偏亢）治阴”，即所谓“壮水之主，以制阳光”。另一方面，运用阴阳互根互用原理，治疗阳虚之虚寒证，由于“阳根于阴”，故亦可滋阴以助阳，称为“阴中求阳”，即在补阳方剂中适当佐以滋阴药，“阳得阴助则生化无穷”。治疗阴虚之虚热证，由于“阴根于阳”，故可助阳以滋阴，称为“阳中求阴”，即在滋阴方剂中适当佐以助阳药，“阴得阳升而泉源不竭”。
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